Java Template code

package com.cbrc.pipeline2;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.BufferedWriter;
import java.io.DataInputStream;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.FileWriter;
import java.io.InputStreamReader;

public class Test {


    String foldIn;
    String fnmFasta;

    String foldOut;
    String fnmOut;
   
    void init(String rootIn, String rootOut, String fnmInFasta, String fOut) {
       
        this.foldIn = rootIn;
        this.fnmFasta = this.foldIn + fnmInFasta;
   
        this.foldOut = rootOut;
        this.foldOut = this.foldOut + fOut;

    }


    void loadFasta(){

        try {
            FileInputStream fstream = new FileInputStream(fnmFasta);
            DataInputStream in = new DataInputStream(fstream);
            BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(in));

            String befTrim , strLine;
            while ((befTrim = br.readLine()) != null) {
                strLine = befTrim.trim();


            }

            br.close();
            in.close();
            fstream.close();


        } catch (Exception e) {

            e.printStackTrace();
        }


    }



    void writeSelectedRegion(){


        try {

            BufferedWriter bwr = new BufferedWriter(new FileWriter(this.fnmOut));
            StringBuffer buf = new StringBuffer();




            bwr.write(buf+"");

            bwr.close();
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
        }


    }

    void doProcessing() {
       
        loadFasta();
        writeSelectedRegion();
    }

    public static void main(String[] args) {

        Test obj = new Test();

        obj.init(args[0], args[1] , args[2] , args[3]);
        //        obj.init("./", "test.fa", "20", "72" , "seq.prf");

        obj.doProcessing();


    }

}