Converter Bed to GENCODE v3 GTF

Intro

Gencode V3 GTF format is different from UCSC GFF/GTF. Here is the description of format. Gencode V3 GTF has 9 mandatory key=value pairs, which are not mandatory for UCSC GFF/GTF. Here is the description

http://www.sanger.ac.uk/resources/databases/encode/gencodeformat.html

Here is a code to convert bed file to Gencode v3 GTF format:

import java.util.Vector;
import java.util.regex.Pattern;

import com.cbrc.bean.TrxExonInfo;
import com.cbrc.common.CommonFunction;

public class BedTools_BedToGencodeGTFv3 {


        void convert_Bed_GencodeGtfv3(String fnmBed, String fnmGtf)
        {

                String tmp[];
                Pattern p = Pattern.compile("[\\t]+");
                Vector vectBedStr = CommonFunction.readlinesOfAfile(fnmBed);
                StringBuffer buf = new StringBuffer();
                for(int i=0;i                 {
                        tmp = p.split(vectBedStr.get(i), 12);
                        TrxExonInfo trx = new TrxExonInfo(tmp[0], tmp[1], tmp[2], tmp[3],
tmp[4], tmp[5], tmp[6], tmp[7], tmp[8], tmp[9], tmp[10], tmp[11]) ;


                        // create 1 entry for transcript

                        buf.append(trx.getChrom()+"\t"+"LLlab"+"\t"+"transcript"+ "\t"+
                                        (trx.getStart()+1)+"\t"
+trx.getEnd()+"\t"+trx.getScore()+"\t"+trx.getStrand()+"\t" +
                                        "."+"\t"+ getAdditionalInfoMandatory(trx.getName() ) +"\n");

                        // create multiple entry for exons

                        for(int  e=0; e                         {
                                buf.append(trx.getChrom()+"\t"+"LLlab"+"\t"+"exon"+ "\t"+
                                                (trx.getExonStarts().get(e)+1)+"\t"
+trx.getExonEnds().get(e)+"\t"+trx.getScore()+"\t"+trx.getStrand()+"\t"
+
                                                "."+"\t"+ getAdditionalInfoMandatory(trx.getName() ) +"\n");

                        }
                }



                CommonFunction.writeContentToFile(fnmGtf, buf+"");

        }

        String getAdditionalInfoMandatory(String trxID)
        {
                return
                        " gene_id "    + trxID + ";" +
                        " transcript_id " + trxID + ";" +
                        " gene_type "    + "RNA" + ";" +
                        " gene_status "    + "KNOWN" + ";" +
                        " gene_name "    + trxID + ";" +
                        " transcript_type "    + "RNA" + ";" +
                        " transcript_status "    + "KNOWN" + ";" +
                        " transcript_name "    + trxID + ";" +
                        " level "    + "1" + ";" ;

        }


        public static void main(String[] args) {
                BedTools_BedToGencodeGTFv3 obj = new BedTools_BedToGencodeGTFv3();
                obj.convert_Bed_GencodeGtfv3(args[0],   args[1] );
                // example
//              obj.convert_Bed_GencodeGtfv3("./test.bed",
"./coding.withrpt.bed.wholebody.bed.gtf3" ); //
"./coding.withrpt.bed.wholebody.bed"
//              obj.convert_Bed_GencodeGtfv3("./noncoding.withrpt.bed.wholebody.bed.bed",
"./noncoding.withrpt.bed.wholebody.bed.gtf3" );

        }

}